Nilsiän lukion erityispiirteenä on noin 15 vuotta jatkunut yhteistyö urheiluvalmennuksen kanssa. Urheilijaopiskelijat ovat tuoneet väriä lukion arkeen ja kehittäneet joustavuutta lukion toiminnassa.
Nilsiän lukio on löytänyt oman toimintamallinsa, jossa valmentautuminen on joustavasti sovitettu opiskeluaikatauluun. Tavoitteena on mahdollistaa ammattimainen harjoittelu.
Lukujärjestyksessä harjoitteluun on varattu viidestä kymmeneen viikkotuntia. Valmennuksesta vastaavat ammattitaitoiset valmentajat. Harjoitukset pidetään yleensä aamulla ennen koulua ja/tai iltapäivällä koulun jälkeen. Jos valmennuksessa ei ole lajiryhmää (5-10 oppilasta), niin valmennus voidaan toteuttaa yksilöllisesti oman harjoitusohjelman mukaisesti.